Действие игры происходит в 2227 году, через год после начала Гражданской войны в Империи. Главный герой является бизнесменом, который разорился из-за уничтожения транспортного конвоя с особо ценным грузом для корпорации «Triada», атакованного Военно-космическими силами Старой Империи. Чтобы выплатить неустойку, он продал почти все свое имущество, и, желая вернуть утраченное, оказывается втянутым в военный конфликт. Ему сопутствует Ласточка — бывшая стюардесса, по воле случая попавшая к пиратам и вынужденная воевать на их стороне, но затем сумевшая отомстить пиратам, освободиться от них и сполна расплатиться, захватив вместе с главным героем пиратскую базу и Седой, бывший член отряда Мечники и ставший одним из боевиков корпорации «Triada», волей случая столкнувшийся с ними на разрушенной базе . Сюжет и персонажи, с которыми встретится игрок, зависят от его воли.

Особенности игры:
- Огромный мир – более 50 звездных систем с возможностью свободного перемещения между ними.
- Новый корабль-база, управляемый двумя пилотами, а также новое поколение космических истребителей, созданных на основе технологий Предтеч и Чужих.
- Новые персонажи и отряды наемников, готовые служить за вознаграждение.
- Нелинейный сюжет, предлагающий несколько вариантов прохождения и разноплановые побочные динамически генерируемые задания.
В игре 5 сюжетных линий:

Работа на:

— ВКС Старой Империи
— КФНИ (Космический флот Новой Империи)
— ССТ (Союз Свободных Торговцев)
— Корпорация «Triada»
— Корпорация «InoCo».

Переработана графика, используемая в предыдущих частях. В частности, изменен вид космоса во всех системах.
В игре истребители 1-3 поколений (в ЗВ1) распределены по 1-4 поколениям. Создано 5-е поколение (из ЗВ1 — только истребитель «Змей»). Созданы новые навыки, владение которыми необходимо для использования истребителей последних поколений.
Так как главная роль уделяется конфликту между людьми, новые инопланетные расы в игру не добавлены. Отсутствуют «Ангорцы» из ЗВ2. Существует система Предтеч, возможность вызова подмоги Предтеч Ласточкой и охраняющие артефакты Предтеч их потомки — Чужие.
Огромная космическая карта включает системы из ЗВ1 и частично из ЗВ2, а также вновь созданные системы.